動漫電影《攻殼機動隊：崛起3》講述了正享受短暫假期的公安九課少校草薙素子（坂本真綾 配音）突然接到巴特（松田健一郎 配音）的報告，西之內某處大廈遭受恐怖分子襲擊，政府高官和商業巨擎被人殺害。在草薙的指揮下，九課的石川、波瑪、帕茲、巴特等人通力合作，將恐怖分子徹底制服，但草薙在行動中意外受到神秘病毒感染。在西之內恐怖襲擊的同時，遠郊的水壩發生爆炸案。新濱縣刑警陀古薩（新垣樽助 配音）傳喚水壩管理企業負責人沙特博士，對方是來自飽經戰火的卡森共和國的卡爾迪斯人。受警方高層施壓，陀古薩沒有得到任何有用信息。另一方面，草薙一方得知恐怖分子的真實身份，正是卡爾迪斯的游擊隊組織。兩起案件意外聯系在一起，其背后隱藏怎樣的真相？本片根據士郎正宗的原作改編，為攻殼機動隊前傳“ARISE”的第三部。與戀人膩在一起休假中的草薙素子突然收到了巴特關于炸彈恐怖襲擊的緊急報告。來到現場后發現恐怖分子的主犯人胸前刻有「スクラサス」的符號。同一時間、山之手的大壩突然發生爆炸事件，現場的警察殉職。留下的線索僅有被稱為“人魚之腳（ＭＥＲＭＡＩＤ"Ｓ ＬＥＧ）”的義體技師的名片以及義體的腳部。而殉職的警察的后輩陀古薩開始對事件進行調查……

押井守や神山健治がアニメ化してきた士郎正宗のSFコミック「攻殻機動隊」を、総監督に黃瀬和哉、腳本に沖方丁ら新たなスタッフ＆キャストを迎えてアニメーション化した「攻殻機動隊ARISE」シリーズの第3話。戀人と甘いひと時を過ごしていた草薙素子のもとに、仲間となったバトーから爆弾テロの急報が屆く。ただちに現場を制圧した素子らは、犯人の胸にテロリスト「スクラサス」のシンボルが刻まれているのを発見する。同じ頃、山の手のダムで起こった爆発でひとりの刑事が死亡し、殘された手がかりをもとに後輩刑事のトグサが捜査を進めていたが……。